序列分析方法	优点	缺点	适用研究方向
Sanger 测序	读长长，质量高，信息量高	测序深度浅，只检测优势菌种，费时	对特定菌种进行研究
通用引物高通量指纹技术	可重复，操作简单	不同指纹数据无法进行比较	菌群的时空变化
通用引物结合基因芯片法	操作简单、检测快速	无法检测未知的菌种	特定环境中特定的菌的分析
焦磷酸测序(二代测序技术)	测序深度深，灵敏，高通量，快速	昂贵，读长短，信息量少	对未知环境菌群多样性进行分析