项目

存在问题

核酸回收

无法回收全部的DNA或RNA；菌体细胞无法完全裂解并且重复性差；伴有腐殖质等杂质的干扰。

PCR

DNA混合物中扩增特定基因时可能面临不同物种间的基因序列互相集结形成DNA 聚合物的问题以及PCR技术中的DNA污染问题。

克隆

不同有机体的rDNA基因片段的克隆效率存在差异；根据rDNA克隆的相对丰度来估算其 相应种群的相对丰度时一般会产生偏差；DNA提取可能会受到其他微生物基因片段的污染。