数据库

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参考文献

GEO

2005年

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

GEO数据库是第一个基因表达数据的公共数据库，具有强大的数据收录功能，记录各类芯片数据和测序数据。

[67]

scRNASeqDB

2017年

https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/

主要收录的是来自GEO数据库的生物医学单细胞测序数据，并提供分析和可视化功能

[59]

JingleBells

2017年

http://jinglebells.bgu.ac.il/

免疫相关的单细胞数据库

[60]

The Human Cell Atlas

2017年

https://data.humancellatlas.org/

大型国际合作项目，致力于建立一个健康人体所包含的所有细胞的参考图谱，具有权威性

[68]

Single Cell Expression Atlas

2018年

https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home

目前包括20个物种，304项研究的1000多万单细胞的测序数据

[69]

PanglaoDB

2019年

https://panglaodb.se/

包含了6000多个marker基因，可用于细胞分群注释，适合零基础的研究者使用、探索和挖掘

[70]

Single Cell Portal

2019年

https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell

除了数据集检索和下载功能外，部分数据集支持在线差异表达分析，展示不同细胞群之间基因表达的差异，截至目前收录了508项研究的将近3000万个单细胞的测序数据

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SCDevDB

2019年

https://scdevdb.deepomics.org

数据构成主要是正常组织，侧重于研究不同发育途径中的单细胞基因表达谱

[62]

CancerSEA

2019年

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

旨在全面探索癌细胞不同功能状态的单细胞数据库

[61]

TMExplorer

2022年

R package：https://bioconductor.org/packages/release/data/

收集了肿瘤微环境特异的单细胞数据集，具有全面的搜索工具，允许用户根据更多的特征选择数据集

[71]