序号

数据库名称

数据库类型

网址

1

Arabidopsis Co-expression Tool

模块化调控网络

http://act.yeastgenome.org/

2

ATTED-II

基因共表达网络

https://atted.jp/

3

BarleyNet

大麦基因调控网络

http://barleynet.info/

4

CISTROME

转录因子结合位点

http://cistrome.org/db/#/

5

CRESS

能量诱导热休克网络

http://cress.salk.edu/

6

DEGseq

差异表达基因

http://bioinfo.cau.edu.cn/degseq/

7

EpiFactors

表观基因调控网络

http://epifactors.autosome.ru/index.html

8

Epigenome Network

表观遗传基因调控网络

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/epigenomics/reports/

9

FANTOM5

非编码RNA数据库

http://fantom.gsc.riken.jp/5/

10

FunCoup 3.0

转录因子、蛋白质互作网络

http://funcoup3.lumc.edu/

11

GeneMANIA

基因和功能预测

http://genemania.org/

12

GTRD

转录调控因子数据库

http://gtrd.biouml.org

13

iRegulon

转录调控因子靶基因网络

http://iregulon.aertslab.org/

14

JASPAR

转录因子结合位点

http://jaspar2018.genereg.net/index.php

15

maize eFP Browser

玉米表达数据

https://bar.utoronto.ca/efp_maize/cgi-bin/efpWeb.cgi

16

Maize Genetics and Genomics

玉米基因调控网络

https://www.maizegdb.org/

17

NetProphet

蛋白质相互作用网络

http://netprophet.org/about.html

18

PlantCARE

植物转录调控元件搜集

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

19

PlantMetabolomics.net

植物代谢组学

http://www.plantmetabolomics.net/

20

PlantRegMap

拟南芥基因调控网络

http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/

21

REDfly

转录调控因子与启动子

http://redfly.ccr.buffalo.edu/index.php

22

RegNetwork

基因调控网络

http://www.regnetworkweb.org/

23

SWISS-MODEL Repository

蛋白质结构预测和修正

https://swissmodel.expasy.org/repository

24

TcoF-DB

细胞周期基因调控

http://genome.jouy.inra.fr/tcof-db

25

TRED

转录调控因子数据库

http://cbrc.kaust.edu.sa/tred/

26

WikiPathways

生物通路数据

https://www.wikipathways.org/portal/search/

27

YeastMine

酵母基因功能分析

http://yeastmine.yeastgenome.org:8080/yeastmine/

28

YPA

酵母转录组分析

https://ypa.ee.ncku.edu.tw/index.php

29

ZFIN

斑马鱼遗传资源库

https://zfin.org/

30

ZRT1

酿酒酵母锌离子转运蛋白

http://www.sb.cs.miyazaki-u.ac.jp/~biolinfo/zrt1db/