| 目标层 | 准则层 | 指标层 | 指标含义 |
| 山区小流域生态清洁程度 | 土壤环境 | 水土流失率 | 水土流失率 = 水土流失面积/土地总面积 × 100% |
| 化肥施用强度 | 指1年内单位耕地面积的化肥施用量，化肥施用量按折纯量计算 | ||
| 农药施用强度 | 包括农地、果园等施用农药的种类、强度和方法等 | ||
| 水环境 | 径流系数 | 一定汇水面积内总径流量与降水量的比值 | |
| 出口地表水环境质量 | 评价小流域出口水质的重要指标，按照《地面水环境质量标准》( GB3838-2002)进行监测 | ||
| 生态环境 | 林草覆盖率 | 林草覆盖率 = 流域内乔木林、灌木林与草地等林草植被面积之和/流域土地面积 × 100% | |
| 人居环境 | 人口密度 | 人口密度 = 人口数/土地面积 | |
| 生活污水处理率 | 规范SL 534-2013要求生活污水处理率大于等于80%，以此作为小流域生态清洁分级的底限 | ||
| 规模化养殖污水处理率 | 规范SL 534-2013要求养殖污水处理率达到100%，以此作为小流域生态清洁分级的底限 | ||
| 生活垃圾无害处理率 | 规范SL 534-2013要求处理率大于等于80%，以此作为小流域生态清洁分级的底限 |