$b_{jk}\left(t\right),j=1,2,3,4,5;k=1,2,3$

由于隐马尔科夫模型中仅能使用离散变量作为观测序列。 这里将∆PCC均匀切分为等长的5份，依次标序1，2，3，4，5。

这里 $b_{jk}\left(t\right)$ 代表状态k下观测到j的概率。

${\theta }_t=\left(A,B,\pi \right)$

t时刻及其以前所有训练所得模型。

$O_t=\left\{o_1,o_2,\cdots ,o_t\right\}$

t时刻及其以前的所有观测序列。

$o_t$

t时刻的观测序列， $o_t=\left\{\Delta pc{c}_1,\Delta pc{c}_2,\cdots ,\Delta pc{c}_l\right\}$ ，l为基因对对数。