| 模型 | 特征输入 | CASP10 | CASP11 | CASP12 |
| SPINE-X | PSSM+物理特性 | 80.7 | 79.3 | 76.9 |
| SSpro | PSSM | 78.5 | 77.6 | − |
| PSIpred | PSSM | 81.2 | 80.7 | 78.0 |
| Jpred | PSSM+隐马尔可夫模型特征 | 81.6 | 80.4 | 75.1 |
| DeepCNF | PSSM+21个元素的二进制向量 | 84.4 | 84.7 | 82.1 |
| MUFOLD | 氨基酸理化性质+PSSM+隐马尔可夫模型特征 | 85.98 | 83.59 | 80.59 |
| 本文模型 | PSSM+42基团特征 | 86.83 | 84.73 | 83.79 |