指示物种

度量因子

浮游生物

水表层的小生物群落(包括病毒、自养浮游生物)，纤毛原生生物，微生物环等。

底栖无脊椎动物

底栖群落的结构和动态，了解有机污染程度方法、多样性指标、生物指标，确定一系列环境状态的参照群落，生态系统健康的功能测定，长期的毒理和胁迫效应。

营养顶级的鱼类

对化学污染比其它物种更加敏感，综合反映了其它生物的变化，更简便的方法是跟踪鱼类种群对环境退化的响应，重要指标包括：平均年龄、产卵能力和条件因素。如，银大马哈鱼可以只是北美大湖区的生态系统健康；采用鲑鱼为指示种来监测湖泊贫营养化。

生物的综合运用

亚细胞、细胞、生物个体、种群、群落和生态系统的相关信息，生物个体对化学污染的初级和初级响应进行测定。底泥毒性化学分析、组织化学分析、病理分析和群落结构的综合研究。