| 标记 | 重复性 | 稳定性 | 多态性 | DNA 质量 | 检测范围 | 遗传特点 | 在莲中应用现状 | 优点 | 缺点 |
| RAPD | 中等 | 较低 | 较高 | 低 | 全基因组 | 显性 | 遗传多样性分析 聚类分析 DNA指纹图谱绘制 | 特异性强， 操作简便 | 稳定性及重复性较差 |
| AFLP | 高 | 高 | 较高 | 高 | 全基因组 | 显性 | 遗传多样性分析 聚类分析 QTL定位分析 | 多态性强， 结果稳定， 重复度高 | 成本较高 |
| SRAP | 高 | 高 | 高 | 高 | 全基因组 | 共显性 | 遗传多样性分析 聚类分析 遗传连锁图谱构建 QTL定位分析 | 简便、不需预知序列信息、多态性强 | 依赖PCR反扩增效率，分子标记随机分布 |
| SSR | 高 | 高 | 高 | 中等 | 重复序列区 | 共显性 | 遗传多样性分析 聚类分析 DNA指纹图谱绘制 遗传连锁图谱构建 QTL定位分析 | 多态性丰富， 覆盖率高， 重复性好 | 依赖PCR扩增效率，现有标记数量有限， 标记开发难度大 |
| SNP | 高 | 高 | 高 | 高 | 全基因组 | 共显性 | 遗传连锁图谱构建 QTL定位分析 | 数量多， 分布广泛， 自动化检测 | 标记开发成本高 |