| 云南菊头蝠R. yunnanensis | VU | C | Hc | 梵净山 [4] 、思南县 [31] 、印江县 [31] 、沿河县 [31] |
| 蹄蝠科Hipposideridae |
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| 蹄蝠属Hipposideros |
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| 大蹄蝠H. armiger | LC | CH | W | 安化县*、邵阳县*、五峰县*、来凤县*、酉阳县*、梵净山 [4] 、江口县 [17] 、印江县 [20] 、道真县 [28] 、石阡县 [28] 、湄潭县 [28] 、松桃县 [28] [35] 、保靖县 [29] 、古丈县 [29] 、城步县 [29] 、石门县 [29] 、张家界市 [29] 、怀化市 [29] 、吉首市 [29] 、凤凰县 [29] 、永顺县 [29] 、恩施地区 [32] 、思南县 [34] [35] 、务川县 [35] 、沿河县 [35] 、余庆县 [35] 、铜仁市 [18] [35] |
| 普氏蹄蝠H. pratti | NT | C | W | 梵净山 [4] 、江口县 [17] [28] 、铜仁市 [18] 、印江县 [20] 、湄潭县 [28] 、 石阡县 [28] 、新宁县 [29] 、城步县 [29] 、保靖县 [29] 、古丈县 [29] 、 吉首市 [29] 、永顺县 [29] 、松桃县 [31] 、沿河县 [31] |
| 小蹄蝠H. pomona | LC | T | W | 怀化市 [29] 、古丈县 [29] 、务川县 [31] 、思南县 [31] |
| 三叶蹄蝠属Aselliscus |
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| 三叶蹄蝠A. stoliczkanus | NT | C | S | 武隆区 [36] |
| 假吸血蝠科Megadermatidae |
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| 假吸血蝠属Megaderma |
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| 印度假吸血蝠M. lyra | VU | CTH | W | 梵净山 [4] 、江口县 [28] 、湄潭县 [28] 、新宁县 [29] 、凤凰县 [29] |
| 蝙蝠科Vespertilionidae |
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| 伏翼属Pipistrellus |
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| 东亚伏翼P. abramus | LC | TH | O | 安化县*、溆浦县*、铜仁市 [18] 、宜昌市 [22] 、湄潭县 [28] 、沅陵县 [29] 、保靖县 [29] 、古丈县 [29] 、新化县 [29] 、通道县 [29] 、城步县 [29] 、新宁县 [29] 、绥宁县 [29] 、石门县 [29] 、吉首市 [29] 、江口县 [31] 、咸丰县 [32] 、来凤县 [32] 、鹤峰县 [32] 、秭归县 [32] 、长阳县 [32] 、五峰县 [32] 、恩施市 [32] 、利川市 [32] 、建始县 [32] 、巴东县 [32] 、宣恩县 [32] [37] 、思南县 [34] |
| 印度伏翼P. coromandra | LC | TH | W | 湄潭县 [28] |
| 爪哇伏翼P. javanicus | NT | H | S | 松桃县 [28] |
| 棒茎伏翼P. paterculus | LC | H | W | 松桃县 [28] |
| 高级伏翼属Hypsugo |
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| 灰伏翼H. pulveratus | NT | TH | S | 道真县 [28] 、武隆区 [30] 、丰都县 [30] |
| 蝙蝠属Vespertilio |
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| 东方蝙蝠V. sinensis | LC | TH | O | 宜昌市 [22] 、保靖县 [29] 、古丈县 [29] 、石门县 [29] 、 新化县 [29] 、城步县 [29] 、宣恩县 [37] |
| 斑蝠属Scotomanes |
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| 斑蝠S. ornatus | LC | T | S | 梵净山 [4] 、江口县 [17] |
| 长翼蝠属Miniopterus |
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| 亚洲长翼蝠M. fuliginosus | NT | C | O | 江口县 [17] 、印江县 [20] 、绥宁县 [29] 、吉首市 [29] 、武隆区 [30] 、石柱县 [30] |
| 鼠耳蝠属Myotis |
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| 西南鼠耳蝠M. altarium | NT | C | S | 五峰县*、来凤县*、梵净山 [4] 、江口县 [17] 、铜仁市 [18] 、印江县 [20] 、湄潭县 [28] 、松桃县 [28] [31] 、吉首市 [29] 、龙山县 [29] 、古丈县 [29] 、永顺县 [29] 、花垣县 [29] 、思南县 [34] 、武隆区 [30] 、丰都县 [30] 、石柱县 [30] |
| 中华鼠耳蝠M. chinensis | NT | C | S | 五峰县*、来凤县*、梵净山 [4] 、铜仁市 [18] 、印江县 [20] 、江口县 [28] 、湄潭 县 [28] 、松桃县 [28] 、石门县 [29] 、吉首市 [29] 、古丈县 [29] 、务川县 [31] |
| 大足鼠耳蝠M. pilosus | NT | C | S | 吉首市 [29] 、务川县 [31] |
| 大卫鼠耳蝠M. davidii | LC | C | O | 梵净山 [4] 、吉首市 [29] |
| 渡濑氏鼠耳蝠M. rufoniger | VU | C | S | 邵阳县*、龙山县 [29] |
| 华南水鼠耳蝠M. laniger | LC | C | S | 石阡县 [28] 、石柱县 [30] |
| 毛腿鼠耳蝠M. fimbriatus | NT | C | S | 梵净山 [4] 、江口县 [28] |