| 中文名 | 拉丁科名 | 克朗奎斯特系统 | APG VI系统 | |
| 番荔枝科 | Annonaceae | 毛茛目 | 木兰目 | |
| 罂粟科 | Papaveraceae | 罂粟目 | 毛茛目 | |
| 樟科 | Lauraceae | 樟目 | 樟目：与玉盘桂科、莲叶桐科、腊梅科近缘 | |
| 桑科 | Moraceae | 荨麻目 | 蔷薇目：葇荑花序的壳斗科、桑科与蔷薇科近缘 | |
| 榆科 | Ulmaceae | 荨麻目 | 蔷薇目：该科朴属、青檀属、白颜树属、山黄麻属移出榆科、并入大麻科。 | |
| 大麻科 | Cannabidaceae | 荨麻目 | 蔷薇目 | |
| 荨麻科 | Urticaceae | 荨麻目 | 蔷薇目 | |
| 蒺藜科 | Zygophyllaceae | 无患子目 | 蒺藜目 | |
| 金粟兰科 | Chloranthaceae | 胡椒目 | 金粟兰目 | |
| 马兜铃科 | Aristolochiacea | 马兜铃目 | 胡椒目，将鞭寄生科并入 | |
| 菖蒲科 | Acoraceae | 天南星目 天南星科下一属 | 独立为菖蒲目，设立菖蒲科，单子叶植物的最基部类群 | |
| 胡桃科 | Juglandaceae | 胡桃目 | 壳斗目 | |
| 壳斗科 | Fagaceae | 壳斗目 | 壳斗目；将Nothofagus独立为南青冈科(Nothofagaceae)与以单性单被花、葇荑花序为依据的传统分类，发生很大变化。 | |
| 山茶科 | Theaceae | 山茶目 | 杜鹃花目：与山矾科近缘 | |
| 椴树科 | Tiliaceae | 锦葵目 | 锦葵目：并入广义锦葵科，科消失 | |
| 梧桐科 | Sterculiaceae | 锦葵目 | 锦葵目：并入广义锦葵科，科消失 | |
| 杨柳科 | Salicaceae | 杨柳目， 科下仅有杨属和柳属 | 金虎尾目：科下分三亚科，杨柳亚科分为6个族，原先的杨柳科仅为杨柳族 | |
| 豆科 | Fabaceae | 豆目分为含羞草科、 云实科、蝶形花科 | 豆目：承认广义豆科，包含远志科等 | |
| 桃金娘科 | Myrtacese | 桃金娘目包含千屈菜科、石榴科、 野牡丹科等 | 桃金娘目：支持形态特征的结果，将石榴科并入到千屈菜科。 | |
| 大戟科 | Euphorbiaceae | 大戟目，包含叶下珠科： 叶下珠属、算盘子属、秋枫属等 | 金虎尾目，并将叶下珠属、算盘子属、秋枫属独立为叶下珠科。 | |
| 槭树科 | Aceraceae | 玄参目 | 唇形目 | |
| 玄参科 | Scrophulariaceae | 玄参目 | 唇形目 | |
| 金缕梅科 | Hamamelidaceae | 金缕梅目 | 虎耳草目：分为金缕梅科、阿丁枫科 | |
| 杜仲科 | Eucommiaceae | 杜仲目 | 丝缨花目 | |
| 八角科 | Illiciaceae | 八角目 | 木兰藤目五味子科中的一个属 | |
| 五味子科 | Schisandraceae | 八角目 | 基部类群木兰藤目(包含八角科) | |
| 藜科 | Chenopodiaceae | 石竹目 | 石竹目：并入苋科作为一亚科，科消失 | |
| 芍药科 | Paeoniaceae | 五桠果目 | 虎耳草目 | |
| 猕猴桃科 | Actinidiaceae | 山茶目 | 杜鹃花目 | |
| 木棉科 | Bombacaceae | 锦葵目 | 锦葵目：并入锦葵科中科消失 | |
| 锦葵科 | Malvaceae | 锦葵目 | 锦葵目：将木棉科、梧桐科、椴树科包含于广义锦葵科 | |
| 柽柳科 | Tamaricaceae | 堇菜目 | 石竹目 | |
| 柿树科 | Ebenaceae | 五桠果亚纲柿树目 | 杜鹃花目 | |
| 黄杨科 | Buxaceae | 大戟目 | 黄杨目 | |
| 鼠李科 | Rhamnaceae | 鼠李目 | 蔷薇目 | |
| 葡萄科 | Vitaceae | 鼠李目 | 蔷薇目 | |
| 酢浆草科 | Oxalidaceae | 牻牛儿苗目 | 酢浆草目 | |
| 旱金莲科 | Tropaeolaceae | 牻牛儿苗目 | 十字花目 | |
| 凤仙花科 | Balsaminaceae | 牻牛儿苗目 | 杜鹃花目 | |
| 花荵科 | Polemoniaceae | 茄目 | 杜鹃花目 | |
| 紫草科 | Boraginaceae | 唇形目 | 紫草目 | |
| 石蒜科 | Amaryllidaceae | 百合目 | 天门冬目 | |
| 通泉草科 | Mazaceae | 玄参目玄参科1个属 | 唇形目独立为科，科增加 | |
| 泡桐科 | Paulowniaceae | 玄参目玄参科1个属 | 唇形目独立为科，科增加 | |
| 美丽桐科 | Wightiaceae | 玄参目玄参科1个属 | 唇形目独立为科，科增加 | |
| 紫葳科 | Bignoniaceae | 玄参目 | 唇形目 | |
| 八仙花科 | Hydrangeaceae | 蔷薇目，广义虎耳草科分为侠义虎耳草科、 八仙花科和茶瘭子科等 | 山茱萸目，与虎耳草科关系较远。 | |
| 胡颓子科 | Elaeagnaceae | 山龙眼目， 与山龙眼科关系密切 | 蔷薇目 | |
| 无患子科 | Sapindaceae | 无患子目 | 无患子目将七叶树科、槭树科并入 | |
| 莲科 | Nelumbonaceae | 睡莲目， 与睡莲科关系密切 | 山龙眼目，与睡莲关系远，与悬铃木科、清风藤科关系较近。 | |
| 金鱼藻科 | Ceratopyllaceae | 睡莲目， 与睡莲科关系密切 | 独立为金鱼藻目 | |
| 鸢尾科 | Iridaceae | 百合目 | 天门冬目 | |
| 茜草科 | Rubiaceae | 茜草目 | 龙胆目 | |
| 忍冬科 | Caprifoliaceae | 茜草目 | 川续断目 | |
| 川续断科 | Dipsacaceae | 川续断目 | 川续断目，合并于忍冬科，科消失 | |
| 天南星科 | Araceae | 天南星目 | 泽泻目 | |
| 莎草科 | Cyperaceae | 莎草目 | 禾本目 | |