| 分类地位 | 资源状况 | 区系成分 | 生态类型 | 濒危等级 | 备注 |
| 一、鳗鲡目Auguilliformes |
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| (一) 鳗鲡科Anguillide |
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| 鳗鲡属Anguilla |
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| 1. 日本鳗鲡A. japonica Temminck & Schlegel，1846 | + | DN | RL、C、L | EN |
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| 二、鲤形目Cypriniformes |
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| (二) 鲤科Cyprinidae |
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| 马口鱼属Opsariichthys |
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| 2. 马口鱼O. bidens Gunther，1873 | +++ | DN | MS、C、U | LC |
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| 3. 长鳍马口鱼O. evolans Jordan & Evermann，1902 | +++ | DN | MS、C、U | LC |
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| 鳡属Elopichthys |
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| 4. 鳡E. bambusa Richardson，1845 | + | BDNX | RL、C、U | NE |
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| 青鱼属Mylopharyngodon |
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| 5. 青鱼M. piceus Richardson，1846 | ++ | BDN | RL、C、De | LC |
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| 草鱼属Ctenopharyngodon |
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| 6. 草鱼C. idella Valenciennes，1844 | ++ | BDN | RL、H、L | LC |
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| 赤眼鳟属Squaliobarbus |
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| 7. 赤眼鳟S. curriculus Richardson，1846 | ++ | DN | RL、O、U | LC |
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| 鲌属Culter |
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| 8. 翘嘴鲌C. alburnus Basilewsky，1855 | +++ | B | SE、C、U | LC |
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| 华鳊属Sinibrama |
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| 9. 大眼华鳊S. macrops Gunther，1868 | + | DN | RL、H、L | LC |
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| 飘鱼属Pseudolaubuca |
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| 10. 中华银飘鱼 P. sinensis Bleeker，1864 | ++ | DN | MS、O、U | LC |
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| 鲴属Xenocypris |
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| 11. 黄尾鲴 X. davidi Bleeker，1871* | ++ | DN | RL、H、L | LC |
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| 鲢属Hypophthalmichthys |
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| 12. 鲢 H. molitrix Valenciennes，1844 | +++ | BDN | RL、H、U | LC |
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| 䱻属Hemibarbus |
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| 13. 唇䱻H. labeo Pallas，1776 | +++ | N | RL、O、De | LC |
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| 14. 花䱻H. maculalus Bleeker，1871 | + | BXMDN | RL、O、De | LC |
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| 麦穗鱼属Pseudnrasbora |
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| 15. 麦穗鱼P. parva Temmincket Schlegel，1846 | + | NB | RL、O、L | LC |
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| 银属Squalidus |
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| 16. 银S. argentatus Sauvage & Dabry de Thiersant，1874 | +++ | DN | SE、O、L | LC |
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| 棒花鱼属Abbottina |
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| 17. 棒花鱼 A. rivularis Basilewsky，1855 | +++ | BDN | SE、O、De | LC |
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| 似属Pseudogobio |
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| 18. 似 P. vaillanti Sauvage，1878 | ++ | DNX | MS、O、De | LC |
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| 吻属Rhinogobio |
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| 19. 吻 R. typus Bleeker，1871 | ++ | N | RL、O、De | NE |
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| 蛇属Saurogobio |
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| 20. 蛇 S. dabryi Bleeker，1871 | +++ | BXMDN | RL、O、L | LC |
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| 鳑鲏属Rhodeus |
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| 21. 中华鳑鲏R. sinensis Gunther，1868* | +++ | BXMDN | MS、O、De | LC |
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| 倒刺鲃属Spinibarbus |
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| 22. 中华倒刺鲃S. sinensis Bleeker，1871* | +++ | N | RL、O、De | LC | 省 |
| 光唇鱼属Acrossocheilus |
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| 23. 吉首光唇鱼A. jishouensis Zhao，Chen & Li，1997* | +++ | N | MS、O、L | LC | 省 |
| 白甲鱼属Onychostoma |
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| 24. 粗须白甲鱼O. barbatum Lin，1931* | ++ | DN | MS、O、De | NT |
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| 直口鲮属Rectoris |
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| 25. 泸溪直口鲮R. luxiensis Wu & Yao，1977 | +++ | N | MS、O、De | NE | 省 |
| 鲤属Cyprinus |
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| 26. 鲤C. carpio Linnaeus，1758 | +++ | BXMDN | SE、O、De | LC |
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| 鲫属Carassius |
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| 27. 鲫C. auratus Linnaeus，1758 | +++ | XMDN | SE、O、De | LC |
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| (三) 沙鳅科Botiidae |
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| 薄鳅属Lepiobatia |
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| 28. 天台薄鳅L. tientainensis Wu，1930* | ++ | DN | RL、H、De | DD |
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| (四) 鳅科 Cobitidae |
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| 鳅属Cobitis |
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| 29. 中华鳅C. sinensis Sauvage & Dabry de Thiersant，1874 | ++ | BMDN | MS、O、De | LC |
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| 30. 大斑鳅C. macrostigma Dabry de Thiersant，1872* | ++ | DNX | MS、H、De | LC |
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| 泥鳅属Misgurnus |
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| 31. 泥鳅M. anguillicaudatus Cantor，1842 | +++ | BXMDN | SE、O、De | LC |
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| 副泥鳅属Paramisgurnus |
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| 32. 大鳞副泥鳅P. dabryanus Dabry de Thiersant，1872 | + | DNX | MS、H、De | LC |
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| (五) 条鳅科Nemacheilidae |
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| 南鳅属Schistura |
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| 33. 无斑南鳅S. incerta Nichols，1931 | +++ | DNX | MS、H、De | DD |
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| 高原鳅属Triplophysa |
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| 34. 红盲高原鳅T. erythraea Liu & Huang，2019 * | + | N | MS、H、De | NE |
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| (六) 爬鳅科Balitoridae |
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| 原缨口鳅属Vanmanenia |
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| 35. 平舟原缨口鳅V. pingchowensis Fang，1935* | ++ | DN | MS、O、De | LC |
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| 犁头鳅属Lepturichthys |
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| 36. 犁头鳅L. fimbriata Gunther，1888* | + | X | MS、H、De | DD |
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| 三、鲇形目Siluriformes |
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| (七) 鲇科Siluridae |
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| 鲇属Silurus |
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| 37. 鲇S. asotus Linnaeus，1758 | ++ | BXMDN | SE、C、L | LC |
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| (八) 鲿科Bagridae |
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| 拟鲿属Pseudobagrus |
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| 38. 长脂拟鲿 P. adiposalis Oshima，2010* | + | DN | MS、O、De | NT |
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| 39. 瓦氏拟鲿P. vachelli Richardson，1846 | + | DN | MS、C、L | LC |
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| 半鲿属Hemibagrus |
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| 40. 大鳍半鲿H. macropterus Bleeker，1870* | + | DNX | MS、O、De | LC |
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| (九) 科Sisoridae |
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| 纹胸属Glyptothorax |
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| 41. 中华纹胸 G. sinense Regan，1908* | ++ | DN | MS、C、De | LC |
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| (十) 胡子鲇科Clariidae |
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| 胡子鲇属Clarias |
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| 42. 胡子鲇Clariasfuscus Lacepede，1803 | ++ | DNX | SE、C、De | LC | 省 |
| (十一) 长臀科Granoglanididae |
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| 真鮰属Ictalurus |
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| 43. 斑点叉尾鮰I. punctatus Rafinesque，1818 | + | DN | RL、O、De | NE | 外 |
| 四、合鳃鱼目Synbranchiformes |
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| (十二) 合鳃鱼科Synbranchidae |
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| 黄鳝属Monopterus |
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| 44. 黄鳝M. albus Zuiew，1793 | ++ | DNX | SE、C、De | LC |
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| (十三) 刺鳅科Mastacembelidae |
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| 中华刺鳅属Sinobdella |
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| 45. 中华刺鳅S. sinensis Bleeker，1870 | ++ | DN | SE、C、De | DD |
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| 五、攀鲈目Anabantiformes |
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| (十四) 鳢科Channidae |
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| 鳢属Channa |
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| 46. 乌鳢C. argus Cantor，1842 | + | DNX | SE、C、De | LC |
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| 六、鰕鯱目Gobiiformes |
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| (十五) 鰕鯱科Gobiidae |
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| 吻鰕鯱属Rhinogobius |
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| 47. 子陵吻鰕鯱 R. giurinus Rutter，1897* | ++ | DN | MS、C、De | LC |
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| 48. 神农吻鰕鯱R. shennongensis Yang & Xie，1983* | ++ | DN | MS、O、De | EN |
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| 七、鲈形目 Perciformes |
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| (十六) 鳜科Sinipercidae |
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| 鳜属Siniperca |
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| 49. 斑鳜S. scherzeri Steindachner，1892 | ++ | BDN | SE、C、U | LC |
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| 50. 大眼鳜S. knerii Garman，1912 | ++ | DN | SE、C、U | LC |
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